El museo se encuentra ubicado en la Casa de Bastidas, en la Zona Colonial de la ciudad de Santo Domingo, República Dominicana. Este inmueble del siglo XVI posee características arquitectónicas coloniales, con la intención de crear en la población infantil interés por su historia, por el conocimiento y amor por la parte colonial de su ciudad, como una garantía de su cuidado y preservación a través del tiempo.

Antes de la instalación del museo el inmueble fue restaurado, puesto en valor y adaptado a un museo infantil y a la museografía, tomando en cuenta su protección y destacando sus elementos arquitectónicos.